Eso es de lógica y comprender cómo funciona un campo auto_increment.
Si lees en
3.6.9. Using AUTO_INCREMENT, ahí vas a ver que inicialmente dice "El atributo AUTO_INCREMENT, puede ser usado para generar un identificador
único a las nuevas filas".
Al decir UNICO, es que NO se va a repetir, el contador lo lleva el motor de BD y por consiguiente, solo tenes 2 opciones, cambiar ese campo auto_increment a uno que NO lo sea y seas vos quien incluya el dato, resetear el auto_increment a un valor nuevo. Si haces lo segundo, poder perder en lo que es la integridad referencial o duplicidad de datos.
Si queres resetearlo a un valor específico, lee los comentarios de ese enlace que te dejé y vas a ver como se hace.
Sobre si se hace directamente a la BD o por programación, se puede hacer por ambos medios.