Hola:
En el servidor, cuando recibe el string, tendrás que hacer varios if para que si la cadena recibida es tal o cual, ejecute tal método.
Otra opción es que el cliente mande exactamente el nombre de la clase y método a invocar. El servidor, con Class.getClassForName() y Class.getMethods() y Method.invoke() podría ser capaz de invocarlo.
Otra opción (más al estilo de GreenEyed
) sería que pusieras rmi, que hace exactamente lo que quieres. El cliente puede invokar remotamente métodos de clases que están en el servidor.
Se bueno.