Hola, mira, yo todavía no trabaje con ningun mediawiki, pero se me hace que es muy parecido, al menos el concepto, de Mambo, Joomla, etc...., los cuales si he modificado.
Te cuento mi técnica que utilizo para modificar esos administradores.
1) Tenés que saber que siempre el contenido va a estar organizado, es decir, que la parte de los menus siempre van a estar en una carpeta, los modulos en otra, y asi.....
2) Basandote en lo anterior, lo que tendrías que hacer es tomarte el trabajo de ir a la carpeta en donde está instalado el mediawiki y empezar a ver que archivos tenés, los nombres de archivos, y carpetas van a tener un nombre representativo de la función que cumplen, o los archivos que contengan, por otro lado los archivos siempre están comentados en el código y tmbn hay algunos archivos del tipo "leame.txt" en las carpetas para orientar muchas veces.
"Leyendo" así las carpetas y archivos, y teniendo en cuenta lo que quieras modificar, lo que te resta es saber el lenguaje en que está hecho el media (supongo que PHP), de modo que tmbn tenés que saber PHP (al menos algo minimo) para saber a que otros archivos está invocando, y así, leyendo la estructura del sitio, y el código de algunos archivos llegas donde necesitas y lo modificas.....Suena sencillo, pero a veces no lo es
Respondiendo a la pregunta, creo que no hay un manual de específico sobre como modificar, a lo sumo supongo que en el sitio de mediawiki tenes algunos artículos que te van ayudando para entender la "estructura" del sistema.
Por ahi si comentas algún cambio específico que quieras realizar te podríamos ayudar.
Sugerencia: busca en google el problema específico que querés cambiar
Suerte