Hombre, a la hora darle a alguien una aplicación y que la ejecute, pues a veces es más comodo que darle algo para que lo descomprima, crearle un .bat/.sh/.bin... etc. Con esto sólo es UN archivo y en la mayoría de sistemas, con doble-click o con una instrucción "java -jar archivo.jar" ya lo tienes listo. Y además así no tienen que saber cual es la clase principal, ni nada.
No es mejor o peor, es una opción como otra cualquiera.
