La organización de proyectos no es una ciencia exacta
, así que no hay respuestas únicas. Yo por ejemplo en caso de tener aplicaciones web con acceso de usuarios no autorizados y autorizados, sigo usando un sólo proyecto.
Y nunca uso nada más que los proyectos java "normales y corrientes" así que supongo que te valdrán. Es más una cuestión de cómo uses el IDE que de Java en si, y tampoco te preocupes mucho de si es "correcto" o no, ya que hay muchas formas de usarlo, así que busca la que te vaya mejor.
S!