pues yo tengo entendido que es gpl(licencia publica general), pueden visitar este enlace para ver a que se refiere
http://www.gnu.org/licenses/licenses.es.html incluso hay otro tipos de licencias, y en realidad es cierto son libres pero no gratuitas, ¿a que se refiere esto? se refiere a se que puede distribuir, copiar, modificar, entre otras cosas(según restricciones de cada licencia) y lo mas importante sin ningún costo, ¿pero cuando me cobran? bueno, el pago de una licencia se hará cuando se lucre con el programa(sistema), es decir, si lo utilizas con fines comerciales o como mencionaron antes si deseas soporte técnico o deseas otras prestaciones que brinde la compañia que desarrolla el sistema.
saludos, espero no haberles confundido mas, ya que no soy muy bueno para esto de las explicaciones, pero se hace el intento jeje.
por cierto tricampeon27, MySQL que yo sepa nunca a sido gratis, es un error de apreciación, es libre mas no gratuito.