Lo normal es usar Flash, es una especie de ensamblador y brinda la interactividad necesaria. El .exe incorpora su propio reproductor autónomo, así que no hay problema por ello...
Si lo que quieres es crear algo de impacto, puedes crear animaciones en video e importarlas al mismo Flash, depende qué idea tengas, lo más simple y práctico se me ocurre es solo usar Flash importando imágenes y animándolas, si por ejemplo quieres hacer algo complejo tipo After Effects te llevará de menos 3 meses dominar a medias el soft. HTML no te recomiendo usar nada, se ve muy...
Cuál es tu idea?