Vale he estao mirando un poco mas, y tal y como has dicho es un problema de IE con los frames.
Resulta que IE no reconoce las variables de seison cuando trabajas com frameset :/
Que puedo hacer entonces? Se solucionaria si metiera cookies?
PD: Si, me faltan partes de la web que retocar porque es bastante nueva, el registro es una de ellas, pero de javascript no tengo mucha idea y les envio un email de confirmacion. De momento no me supone mucho problema, aunque siempre son cosas que hay que mejorar, se agradece