Hmmm, eso dependería mucho de lo que bajaste y la explicación podría ser muy larga.
Mira, ya que estas comenzando te paso el enlace del cual bajar :
http://java.sun.com/javase/downloads/index.jsp
Donde tendras varias opciones. Elige
JDK 6 with NetBeans 5.5, éste kit viene con un buen Editor para Java llamado NetBeans (el cual tiene Tomcat integrado). Es todo lo que necesitarás por ahora.
Desinstala tu anterior version de JDK (no es recomendable tener mas de un JDK instalado) e instala el kit que te recomendé.
Ah!, te paso este enlace mas, donde podrás encontrar videoTutoriales de NetBeans (el primero es en español):
http://www.netbeans.org/kb/50/flash.html
Saludos.