Realmente no entiendo porque lo necesitas instalar dos veces ... al final es el mismo EXE instanciado dos veces en memoria.
Si lo lograras instalar dos veces ... lo cual se puede porque en .NET existe la instalación XCOPY a como lo llama MS ... es como si tuvieras una copia del EXE en otra ruta y no importa cual ejecutes al final va ser una instancia del mismo EXE.
Saludes
