Para el JTree, parece interesante este articulo:
http://www.fawcette.com/javapro/2002...es/bkurniawan/
Respecto a la parte de mostrar los archivos... no conozco ningun componente estándar swing que te lo de hecho, pero puede que haya alguno por ahi que te pueda servir. Yo soy mas de la parte servidor asi que no te puedo decir mucho.
Webdav no me he metido.
De Lucene algo te puedo decir, y es que básicamente es muy potente pero tiene documentación bastante escasa, y en castellano menos. Hay un libro bastante recomendable "Lucene in Action", pero no se si esta traducido. Lucene te permite indexar archivos, si, y luego hacer busquedas. Yo con archivos no lo he usado, lo he usado con BDD, pero al caso es lo mismo. Eso si, hay que darse de cabeza un rato por que la documentación.... ains.
Suerte