Te recomiendo mucho Diskeeper para optimizar y dejar el disco como nuevo, fíjate que con solo instalar el OS, ya quedan fragmentos tanto del mbr como de la propia partición y el rendimiento cae, contra mas fragmentado, peor, incluso en estados críticos el disco puede dañarse, este programa te permite aumentar el sector de arranque, con lo que la posibilidad de fragmentarse y perder rendimiento queda casi nulo.
Luego, en lo que se refiere a los clusters, normalmente "por defecto" suele ser de las mejores opciones, aunque si eres sibarita y quieres ajustarlo al máximo, puedes mirar mas opciones, pero como dices, al modificarlo, casi siempre mejoras en "X" y pierdes en "Y", así que yo no tocaría nada por que estos procesos pueden conllevar en problemas si la operación no se ejecuta con éxito. La máxima es: ¿Si funciona, por que tocarlo?
Un saludo.