problema al Ejectuar Aplicaciones desde Java

[Asgaroth]

buenas, tengo el siguiente problema, quiero ejecutar ciertas aplicaciones que tengo en un directorio llamado exe que esta en el mismo directorio de la class

cuando hago

RunTime bot = getRunTime();

bot.exec("aplicacion.exe");

esta corre perfecto pero luego cuando genero el .jar desde eclipse la aplicacion no corre

he cambiado el directorio a resources y hecho lo siguiente

bot.exec(getClass().getResource("aplicacion.exe"). toString());

pero tampoco funciona alguien tiene diea de que peudo ahcer? =) Gracias