Hola, yo he trabajado con NetBeans, JBuilder y Eclipse. Personalmente, entre estos tres los colocaría, 1. Eclipse, 2.JBuilder y 3.NetBeans pero sin que hayan grandes diferencias entre ellos para ser sinceros, al menos a mi entender.
Lo mejor es que pruebes y con el que te encuentres mas a gusto trabaja, es una perogrullada decir esto, pero es que es la verdad