Hola, para el primer punto, lo suyo es utilizar algun tipo de motor ORM (Object Relational Mapper) en alguna de sus vertientes. Hibernate, JDO, Ibatis, el reciente JPA son algunas de las opciones. Lo más normal, digo, es usar uno ya hecho por que el tema se acaba volviendo complejo y en este caso es mejor reutilizar.
En cuanto a MVC... hay multitud de implementaciones de MVC, para entender el concepto lo más que te puedo recomendar es este artículo, que habla de una posible implementación usando XML:
http://www.greeneyed.org/guide/stati.../JavaXMLXSL.do
y buscar información sobre el "Modelo 2" de programación, etc.
No se si hay algún manual o algo, ya que yo lo aprendí sobre la marcha.
S!