Para que una aplicacion echa en .NET funcione correctamente en la maquina del cliente "no debes cargar" con las dls debes instalar el framework con el que desarrollaste la aplicacion, bien sea la version 1.1 o 2.0, igual puedes instalar las dos y no hay problema con ello, El unico caso en quedes cargarlas es cuando usas dlls de terceros, pero si revisas la carpeta
/bin/debug o
/bin/release alli veras la aplicacion compilada y lo que necesita para funcionar, si no tiene nada raro veras el
.exe
Recuerda que puedes crear un proyecto de instalacion para la distribucion de las aplicaciones, es una muy buena opcion para la distribucion ya que si quieres puedes hacer que este proyecto verifique si existe o no el framework en la maquina del cliente, si no esta instalado el lo instala automaticamente.
Saludos
