depende de tus necesidades... y como dijo java hay varios metodos de encriptación y distintas implementaciones en diferentes clases.
De todas formas, creo que como método más rápido es depender del sistema de base de datos (MySQL en este caso) que tiene optimizaciones por todos lados. Hay diversas funciones, tanto reversibles (encrypt, MD5, SHA, etc) como de una sola via como PASSWORD.
aca podes ver todas las opciones que tenes:
<a href='ir.asp?http://www.mysql.com/doc/M/i/Miscellaneous_functions.html' target='_blank'>http://www.mysql.com/doc/M/i/Miscellaneo...</a>