Hola, tu pregunta es algo confusa. Si tu sistema está infectado, obviamente el sistema permanecerá así hasta que lo desinfectes. ¿A que te refieres con entorno limpio?
Lo mas recomendable para realizar un escaneo cuando el sistema está infectado es apagar la opción "Restaurar el Sistema" y realizar el escaneo en "Modo Seguro", te recomiendo la lectura de
este artículo.
Saludos
