Haces tres tablas.
1) Nombre: Secciones
Campos: ID
(1), descripcion
2) Nombre: Categorías
Campos: ID
(2),ID_SECCION
(1),descripcion
3) Nombre: Empresas
Campos: ID,ID_CATEGORIA
(2),descripcion, .....etc
Te puse entre paréntesis y en rojo cómo deberían estar vinculadas las tablas, el 1 con el otro 1 y asi también con el 2.
Cuando muestras las secciones haciendo click en alguna de ellas haces una consulta a la tabla categorías con ese id de sección.
Igualmente cuando seleccionen alguna categoría se debe abrir otra página seleccionando en la tabla empresas, todas las empresas que tengan ese ID de categoría.
Es una simple idea espero que te oriente.
Saludos