ejecutar archivo en linux

[natxojarto]

Hola!
He hecho una aplicación que gestiona las asiganturas, programas de las asignaturas y scripts de los programas por medio de archivos .bat para windows. Ahora claro, los archivos .bat no funcionan en linux y bueno pos tengo un problema.
A ver mi aplicación por ejemplo le das la ruta de donde esta el instalador del programa y lo ejecuta cuando pulsas el boton "instalacion". Me imagino que lo mismo podre hacer en linux no?

En realidad tenia varias preguntas:
1. ¿Como ejecuto la instalación, desinstalacion o por ejemplo abro un pdf desde java para linux?
2. Los archivos .bat sé que los tengo q cambiar por archivos .sh (eso creo) ¿los archivos de linux los creo igual que si fuese un archivo de texto en windows pero con extension .sh?
3. ¿Como elimino un archivo desde java en linux?

Siento hacer tantas preguntas pero es para el proyecto q tengo hacer de finde carrera y estoy un poco apurado. Siento ser tan pesado
Gracias