Yo no usaria la extension "inc" para guardar configuraciones. Si alguien apunta su navegador a ese archivo va a poder ver sus contenidos. Si el archivo de configuracion es un PHP que no regresa nada a pantalla, nadie ve nada cuando lo carga en su navegador.
Tambien podes poner este archivo fuera del DocumentRoot. Por ejemplo, si tenes tu aplicacion en '/var/www/localhost/htdocs/aplicacion' y la llamas desde servidor.com/aplicacion/ podes poner el archivo de configuracion en '/var/www/localhost/' y no va a haber manera de acceder a el por el navegador. En este caso en particular, harias el include de la siguiente manera:
Código PHP:
include('../../archivo.inc.php');
Como dijo antes Bellenger, tambien podes configurar el apache para que no muestre archivos con extension "inc".