Asumo que es ASP, y en ese caso... estás ejecutando Javascript en dos entornos diferentes.
Cambia esto:
Código PHP:
<%
primero = new String(Request.Form("uno"))
segundo = new String(Request.Form("dos"))
%>
Por esto...
Código PHP:
<SCRIPT>
primero = <%= Request.Form("uno")%>
segundo = <%= Request.Form("dos")%>
</SCRIPT>
O algo así, la verdad es que ASP no es mi mejor amigo que digamos
Chau