Huy pues necesitas varias cosas:
a) Agregar un control o link para mostrar tu popup
Código HTML:
<input type="button" value="Comentarios" onclick="comentarios();" />
b) Crear la función javascript (ya sea que lo incluyas en cada página o en un archivo .js
Código PHP:
function comentarios()
{
var lsParams = 'scrollbars = no, width = 400px, height = 300px, resizable = no, titlebar = no';
window.open( 'popupComentarios.html', '_blank', lsParams );
}
c)crear tu página para mostrarla en el popup
Código HTML:
<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Strict//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-strict.dtd">
<html>
<head>
<title>Comentarios</title>
</head>
<body>
<form action="guardarComentarios.php" method="post" id="frMain">
Agregue sus comentarios:<br />
<textarea cols="45" rows="10"></textarea>
<br />
<input type="submit" />
</form>
</body>
</html>
d) Crear el script en algún lenguaje del lado del servidor (PHP, ASP, JSP, o lo que quieras) para procesar los comentarios y guardarlos en DB (o en lo que quieras)
Estoy poniendo cosas muy simples, para que le heches imaginación a como tu quieras ...
Suerte con eso y disfruta el aprendizaje