Hola:
javascript no tiene acceso a las BDs así que tienes que enviar los datos a una página php que tenga una instrucción sql "delete"... ya sea recargando la página, o enviar un formulario (por ejemplo a un popup) o mediante ajax...
Una idea es a la vez de crear el botón para eliminar, crear un formulario con target _blank (u otro para poder darle dimensiones), los elementos a borrar en campos hidden un action a una página que podría ser borrar.php y en el mismo script del borrado, hacer el submit del formulario.
Saludos
