Como estas generando los instaladores?
Si lo haces mediante un proyecto de instalacion del mismo visual studio, en las propiedades del proyecto hay un boton "requisitos previos" en las lista de opciones que aparecen seleccionas Framework e Windows Installer 3.1 y las que consideres necesarias.
Debajo de estas opciones hay tres radio button. Elije el que dice: "Buscar componentes en la misma carpeta de la aplicacion" o algo asi, creo que es el radiobutton de la mitad.
Esto hara que los componentes Framework, Windows Installer, y los que selecciones se encuentre con el instalador y si hace falta instalarlos el lo hara solo.
Saludos