Pues hombre, te digo, el que le des el permiso a la carpeta raiz, no quiere decir que las demàs carpetas que contiene lo vayan a heredar..., osea no quiere decir que las otras quedarìan con dicho permiso.
Entonces, eso se hace solo con las carpetas que se necesitan y ya...
Què error de php te arroja?
Saludos!
