El problema de tu webserver, es que no creaste bien los sitios virtuales o no los configuraste adecuadamente. Para eso, pregunta en la sección respectiva que es Servidores Web y en la misma, vas a ver 2 sub-secciones (Apache e IIS) dependiendo del servidor web que estes usando, hubica ahí tu consulta.
Sobre phpMyAdmin, es una herramienta pre-fabricada y hay una sección que trata temas de ese tipo. No es de MySQL, simplemente es una buena herramienta libre para administrarlo y desarrollado en PHP. En la página oficial o buscando directamente en google o cualquier otro buscador, podrías buscar como configurarlo colocando algo como "configurar phpmyadmin <xxx>" donde xxx es la versión que estas trabajando.
Acerca de cambiar la clave de MySQL, te recomiendo que lo hagas en línea de comando ya que si lo haces por medio de phpmyadmin, luego no vas a poder ingresar porque debes configurar phpmyadmin. Para esto, te recomiendo ir a la página de MySQL, sección de documentación y bajarte el manual en pdf en español para que veas como se hace. Está muy bien explicado.
Función de la sección de Base de Datos