Hay muchas forma de implementar MVC, algunas más eficientes que otras, al final lo que se busca es separa la capa de negocio de la presentación, obviamente hablando dentro del paradigma orientado a objeto (OOP PHP5).
Desde mi punto de vista es más eficiente y cómodo implementar MVC semejante a lo propuesto por GatorV en su blog.
Te dejo unos links,
Building a simple MVC system with PHP5 (Habla más menos de lo mismo).
También tienes la implementación de
MVC de Zend Framwork
saludos.