Ok, el código es este:
 Código PHP:
    <?php
 
// recibo 2 variables: "Cuerpo", y "Firma" 
 
$Cuerpo = ''.$_POST[Cuerpo].'';
$Firma = ''.$_POST[Firma].'';
 
// Conexión y consulta a BBDD //
 
include("conexion.txt");
$sql = "SELECT * FROM datos";
$result = mysql_query($sql);
 
// Paso a globales las variables de la consulta
while (list($Id, $Empresa, $Contacto) = mysql_fetch_row($result)){ 
 
// Datos para el nuevo archivo  
  $Ruta = "nuevos";
  $Nombre = "archivo".$Id.".htm";
  $Archivo = "$Ruta/$Nombre";
  
  $Encabezado = "Estimado Sr. $Contacto";
  
  $Cuerpo = nl2br($Cuerpo); // Mensaje a mostrar
  $Cuerpo = str_replace("\\","","$Cuerpo");
  
  $Firma = "$Firma"; // Firma para la nota
  
// Compruebo si existe el archivo que quiero crear.
// Si no existe, creo uno.
// Caso contrario paso a la iteración siguiente del bucle...
  
  if(!file_exists($Archivo)){ 
  
  $Nuevo = fopen($Archivo,"w+"); // Creo el archivo
  
// Codigo HTML para el nuevo documento.
 
  $html = '<html>
         <head>
         <title>Carta al Sr. '.$Contacto.'</title>
         <link rel="STYLESHEET" type="text/css" href="../estilos.css">
         </head>
 
         <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
 
         <div id="Fondo" class="DivFondo">
             <div id="Cuerpo" class="DivTexto">
               <p class="encabezado">'.$Encabezado.'</p>
               <p class="texto">'.$Cuerpo.'</p>
               <div align="center"  class="firma">'.$Firma.'</div>
             </div>
         </div>
 
         <div id="Logo" class="DivMarca"> <img src="../logo.png" class="logo"> 
         <font class="marca">    .:: EM&A Productos Empresariales :: </font> </div>
 
         </body>
         </html>';
 
  fwrite($Nuevo, $html); // Escibo el archivo
  fclose($Nuevo); // cierro el archivo
  }
  }
 
header("Location: index.php");
 
?>    
  Una pregunta más, ¿No se puede indicar permisos con el .htaccess? 
Uds. dirán...