Te recomiendo un servidor LDAP y utilizar la misma configuracion de tu pagina web
www.midominio.com -> proxy.
Eso si con proxy->intranet deberia funcionar aunque es un riesgo ponerlo asi ya que es mas facil de acceder teniendo solo user y pass de base de datos.
Suerte!
Ps.: Creo que esto no va aqui en PHP.