No soy un experto en el tema, pero creo que no, el problema de los virus de windows mueren en windows, porque suponte que un virus hace un FORMAT C:
ese comando en linux no hace nada...Los virus afectan el sistema operativo, y linux en eso es muy eficiente, no tiene tantas fallas como para que entren los virus...
Quédate tranquilo que no pasa nada, usá tu wine en paz...jeje
