Contestando algunos de los puntos que expones PatomasS
Cita: ... muchos usuarios tienen instalaciones como root y eso hace que haya permisos suficientes de base para casi cualquier cosa.
Cierto, eso ya se le comentó entre las respuestas de este hilo. NUNCA utilices tu cuenta root para tareas comunes eso incluye logearse como root a sesiones X.
Cita: Otro elemento, es que todos los que tienen una máquina con dos sistemas, una red interna usando samba, nfs o incluso ftp internamente, están expuestos a que por uno u otro lado entre un virus que pueda pasar de un sistema a otro y afectar en un próximo reinicio o ejecución, depende del caso.
En el caso de arranques duales, si utilizas wine desde linux y accedes a la partición windows si que puedes, pero no si utilizas programas nativos, a menos que copies directorios completos infectados y lleves en ese proceso los virus contenidos en el directorio. En el caso de comparticiones samba, si es posible que las aplicaciones windows se infecten si abren archivos infectados de la misma manera que lo hacen cuando copian archivos infectados de un lado a otro dentro de su misma partición.
Cita: Otra opción más que posible, son virus que borran de forma silenciosa cosas que no estén en directorios clave, es más aun si lo restringimos al /home ¿qué pasaría si repentinamente desaparecen todas esas bonitas carpetas que inician con "."?
En ese caso lo que sucedería que al volver a ejecutar la mayoría de los programas estos arrancarían como si fuera la primera vez que los usas. Inclusive tu misma sesión gnome o xfce, para corregir algunos errores, puedes borrar esos directorios .* y reiniciar el servidor.
Cita: Por supuesto aun tenemos el hecho de que podemos recibir correos infectados, por ejemplo, y no afectarnos por estar hecha la infección para otro sistema, pero aun así, podemos esparcir el problema indiscriminadamente. Mejor para este tipo de infecciones lo antes posible.
Cierto, y eso quedó claro cuando se le comentó a korg1988 que wine se puede infectar. Pero la cuestión con el otro usuario es relativa a la infección del sistema Linux. la cual sólo es posible en la medida de la falta de buenos hábitos de seguridad. Que por cierto, eso es algo que yo considero que es consecuencia directa del estilo "user friendly" impuesto por windows.
Cita: Otro detalle, es que existen códigos diseñados no tanto para infectar, pero si para robar información y permitir a otros usar nuestra máquina sin que lo sepamos, por ejemplo para hacer ataques a sitios web específicos, para abrir relays en servidores de correo o aprovechar los ya abiertos, etc.
Bueno, no aburro más con opciones y casos, pero concluyo con el recordatorio de que el mayor problema de seguridad, es como siempre, nosotros mismos. Ningún sistema activo es 100% seguro per se, así que nunca está de más protegerse o analizarlo de vez en cuando.
De acuerdo en todo y nadie en linux dice que la seguridad la da el sistema de archivos, la seguridad una vez más la ofrecen el sistema de permisos (que es diferente) y los buenos habitos.
Saludos
Duda sobre linux 
