Los passwords se encriptan cn un hash, md5.
El que en el archivo install no veas un include a un archivo determinado no quiere decir que no esté "incluido", por ejemplo, supongamos que tiene un solo include que es del llamado archivo_1.php
Código PHP:
include("archivo_1.php"),
, pero dentro de este archivo, puede haber mas includes a otros archivos.... y así seguido.
El archivo principal siempre es aquel al que llamas mediante el navegador, ahora bien, tienes que entender que todos son esenciales.