Muchas gracias por responder.
De primeras, el problema lo tenía en que habia escrito mal el código:
<script>
window.location.href='principal.php "
window.close()
</script>
Como se puede ver, al final de principal.php tengo una comilla doble y no una simple. Por ello ni se me cerraba la página ya que no se ejecutaba la linea de window.close().
Al final opte por la opción:
<script>
window.opener.location.reload()
window.close()
</script>
Y me funciona perfectamente.
Gracias
