Pues yo lo que haría sería:
> bootear Ubuntu LiveCD, Gutsy Gibbon 7.10
> Places > Equipo y un doble click al ícono de la unidad fat32 (correspondiente a C:)
> Places > Equipo y un doble click al ícono de la otra unidad fat32 (correspondiente a D:)
> Click en el ícono buscar de nautilus, en la ventana de "C:" para buscar "Mis Documentos"
> Desde la ventana de Resultados, arrastrar el ícono de "mis documentos" a la ventana de la otra partición (D:)
> Cerrar la ventana de resultados, cerrar la ventan de "C:"
> Doble click al ícono buscar en la ventana de "D:" y buscar virus.exe
> en la ventana de resultados de la busqueda, borrar todos los resultados y cierro la ventana de resultados clickando el boton cerrar
> Doble click a "vaciar papelera" que está en el panel superior
> Click en el botón de cerrar de nautilus
> Click en Sistema > Administración > Editor de particiones
> Click derecho sobre la partición correspondiente a "C:" y selecciono borrar
> Click en aplicar cambios
> Click Derecho sobre el espacio libre resultante y selecciono nuevo > ext3, dejo algo de espacio libre.
> Click Derecho sobre el espacio libre restante y selecciono nuevo > linux swap
>Click en aplicar cambios y luego en el boton cerrar del gestor de particiones.....
....Y despues de estos pasos, cuando me doy cuenta que todo lo hice tan "a la windows", abro firefox y me descargo Zenwalk, Gentoo o Arch para instalar una de ellas en lugar de Ubuntu
Ya en serio, si te refieres a usar la consola, sería
> Ctrl+Alt+F2
> sudo mkdir /mnt/disco_c && sudo mkdir /mnt/disco_d
>sudo mount -t vfat /dev/sda1 /mnt/disco_c && sudo mount -t vfat /dev/sda2 /mnt/disco_d
> cd /mnt/disco_c
> locate Mis\ documentos
> cp -r ruta/resultante/Mis\ documentos /mnt/disco_d/respaldo/
> sudo rm -r /mnt/disco_d/respaldo/Mis\ documentos/virus.exe
> cfdisk (para borrar y/o reparticionar "C:")
Saludos