Al principio te van a enseñar lenguajes básicos como BASIC y C. Luego te van a empezar a romper la cabeza con los lenguajes que nomalmente se usan como por ejemplo Java, .NET, PHP, o ASP (y alguno otro que se me olvida).
Una aclaración: la programación no es lo único que hay en la Ingeniería de Sistemas (te lo digo como alumno de 5to año de ingenieria de sistemas). Más bien la programación es sólo un 20% de la carrera.
Existen muchísimas cosas que no están relacionadas con la programación y que te van a enseñar (además de matemática, física y química).
Por ejemplo, probablemente tenés materias como Sistemas Operativos en donde aprendés la arquitectura de los mismos y muchísimos conceptos de su construcción.
En fin los aspectos son muchos y no voy a escribirlos todos
.
En fin te recomendaría que si lo que te gusta es la programación, estudies una carrera de programación, no de sistemas (no son lo mismo).