Por defecto Firefox comparte las sesiones (cookies) entre todas sus ventanas. La unica forma de conseguir que no lo hagan es lanzando otra instancia de Firefox con un perfil diferente.
Aquí por ejemplo explica como hacerlo:
http://liveslick.com/2007/10/17/run-...owsing-habits/
De todas formas, abriendo una instancia de Firefox y una de IExplorer tambien tendrias dos sesiones distintas.
S!