Puedes usar dcop para eso:
Código:
dcop kmix kmix-mainwindow#1 hide
En todo caso, lo normal es que kmix se inicie oculto si lo dejaste así la última vez. Revisa en
Centro de control -> Componentes de KDE -> Gestor de sesiones y asegúrate de que no estás restaurando la sesión previa; si ya habías iniciado kmix y luego lo llamas desde .kde/Autostart es lógico que la ventana se abra.