migrando mssql a mysql - tendre problemas?

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MySQL tiene muchas combinaciones que generarán diferentes resultados. Personalmente prefiero modelos robustos, por lo que InnoDB es la opción que utilizo por default. Si das más información en lo referente a tu esquema actual es más probable que podamos ayudarte.

Las funciones agregadas de MySQL en la versión 5 no las conozco pues solo manejé la 4, pero puedo atreverme a suponer que la sintaxis es bastante diferente a lo que es en MSSQL. Aunque dentro de los comentarios que he escuchado, el robustecer MySQL con integridad, procedimientos, etc. lo hace lento, lo que elimina su principal arma de venta. Para eso ya existe PostgreSQL que es robusto por naturaleza.

20000 registros son pocos, no te preocupes en ese sentido pues incluso Access los podría manejar.