Si ya tienes el applet firmado y puedes escribir ese fichero, tambien puedes mandarlo por Internet al servidor de donde te descargaste el applet, y recibirlo de alguna forma, como si hicieras un "file upload". Y si lo haces desde el applet no tienes que hacer que el usuario escoja nada, ya que el fichero a enviar ya sabes cual es.
Solo tendrías que leer el fichero desde el applet y enviarlo usando la clase HttpURLConnection, y recibirlo en el servidor con algun programa que te interprete lo que envias, en PHP, en Java (JSP/servlets)... lo que quieras.
Aqui explican, por ejemplo, como enviar datos usando UrlConnection:
http://java.sun.com/docs/books/tutor...ngWriting.html
S!