Para cambiar el tipo de compilación en las propiedades del proyecto, donde dice Tipo de Resultado eliges.
Aplicacion de Consola
Aplicacion de Windows
Biblioteca de Clases
Pero no creo que sea lo mas óptimo hacer esa conversión,
Y por otro lado con relacion al WebScript creo pero NO estoy seguro es que se refieren a un servicio web.
Y pensando en este concepto, podrías crear un servicio web que realize las comprobaciones en la base de datos e invocarlo desde tu .exe o desde la tarea programa. Segun la necesidad
Saludos