Se suele bajar de PR por alguno de estos dos motivos que en este momento me vienen a la cabeza (seguramente hay más):
Cuando en un breve espacio de tiempo recibes muchos links entrantes (en ese momento obtienes un buen PR), y de repente la cosa se frena y ya no recibes tantos links entrantes (entonces te baja el PR).
También cuando google detecta que recibes links entrantes desde algún sitio de pago (me refiero a sitios que cobran por ponerte el link). Esto puede pasar si estás en algún directorio donde hay enlaces gratuitos, y enlaces patrocinados o de pago (digo que puede pasar, es decir, que puede bajar tu PR por estar en ese directorio o web con enlaces de pago, no que pase necesariamente siempre).
Salu2
PD: El PR no afecta a tu visibilidad, ranking, o posicionamiento en los buscadores, así que no deberías preocuparte por ello. Es más bien algo relacionado con el "ego", y con reconfortarnos espiritualmente 
. Quizás antes tenía sentido intercambiar enlaces con PR's altos, pero hoy en día es algo que se ha quedado obsoleto, ya que el tráfico no lo marca el PR. Quizás esto que te digo, y viniendo de quien viene (un PR3 que ha pasado a PR2) quizás no tenga demasiado valor, pero he intentado ser lo más objetivo posible, vista mi experiencia tras una caída de PR.