En el BIOS suele haber una opción para deshabilitar la tarjeta de video. O si bien, indicar que la prioridad es la tarjeta PCI, con lo que automáticamente se desactiva la onboard. Simplemente localiza la opción correcta.
...himen <> himem.sys
Revisa si el disco de arranque tiene el archivo config.sys y autoexec.bat, en ellos es donde se cargan todo ese tipo de controladores. En concreto config.sys es donde se cargaba el himem.sys en mis tiempos del MSDOS 6.20