Pensando en el usuario y en el buscador, si la web tiene mucho contenido es lógico que el usuario quiere llegar a lo que busca, no tener que dar 3 clicks antes de llegar. Es bueno que crees y posiciones subíndices.
Aparte he comprobado que ayuda a subir a la homepage que otras parte de la web esten bien posicionadas. El ideal es tener todas las urls posicionadas.
Mi teoría personal, es que a partir de una cantidad de enlaces hacia la home es necesario empezar a repartir hacia otras zonas, tampoco es bueno concentrar todas las keywords en una sóla página, escoge los subíndices y las páginas mas vistas y posicionalas, siempre eso sí la principal con mas esfuerzo que en las secundarias.