Para proteger acceso a una web con user y password realmente es seguro usar MySQL?

[Jonfix]

Hola bueno tengo que hacer un sistema donde se controle el acceso via user name y password, pense en usar PhpMyAdmin y MySQL pero me dicen que no es muy seguro esa forma puesto que algun hacker puede violar la seguridad del sistemas,
pero tengo la duda siguiente sobre esa violacion...el hacker podria acceder al user name y password de la base de datos o de la tabla creada en la base de datos y el tipo como le hubiera hecho para hacer eso posible? digo que tan pero tan picudo seria el tipo como para saber hacer eso?...y bueno dicen que tambien cifrar el password pero acaso eso se refiere a usar algun software que tu le das tu password y el sistema te responde con una clave bien compleja y dificil de entender y ese password seria el que tu le indicarias o como seria eso exactamente no entiendo bien..ayuda por favor..
espero alguien me diga las cosas claras y digo porque he visto que muchas paginas comentan de la vulnerabilidad de las bases de datos pero reuslta que casi todo el mundo utiliza MySQL como quiera y siguen trabajando igual sin importar mucho eso de los hackers..mmmm..no entiendo bien eso..