En php puedes comprobar si basename($_SERVER['PHP_SELF']) es igual a index.php, y si no lo es lanzar el alert javascript. Bastaría con un include que contenga esto en cada uno de tus archivos:
Código PHP:
<?php
if(basename($_SERVER['PHP_SELF'])!='index.php')
echo '<script>alert("no es el index");</script>';
?>