Hola, deberías probar con "activar la partición" en donde instalas tu sistema operativo. No sé qué herramienta live comercial te permita hacer eso. Pero lo puedes intentar con un Linux live: fedora, ubuntu, etc.
Ya que estás en la sesión live de linux, debes abrir una terminal y por ejemplo, si es un live de ubuntu lo único que debes hacer es
$ sudo fdisk /dev/sd?
donde ? es tu disco duro, debes de seguir la regla de que a y b son del IDE primario, c y d son del IDE secundario, entonces si tu disco duro está conectado como maestro en el IDE primario, entonces debes de escribir
$ sudo fdisk /dev/sda
[live@localhost ~]$ fdisk /dev/sda
Command (m for help): p
Disk /dev/sda: 41.1 GB, 41110142976 bytes
255 heads, 63 sectors/track, 4998 cylinders
Units = cylinders of 16065 * 512 = 8225280 bytes
Disk identifier: 0x1c151c15
Device Boot Start End Blocks Id System
/dev/sda1 1 1020 8193118+ 83 Linux
/dev/sda2 1021 4309 26418892+ 83 Linux
/dev/sda3 * 4310 4928 4972117+ 7 HPFS/NTFS
/dev/sda4 4929 4998 562275 f W95 Ext'd (LBA)
/dev/sda5 4929 4998 562243+ 82 Linux swap / Solaris
Command (m for help):
Dentro de esta pantalla presiona "p" para imprimir la tabla de particiones y poder ver qué número de partición es la que deseas activar; esto lo puedes ver en la columna de "System" y debe de ser una partición HPFS/NTFS. Después, presiona la tecla "a" para actualizar la bandera de la partición a "boot", inmediatamente te va a solicitar el número de partición, introduce el número de partición (de acuerdo al ejemplo de arriba es la número 3). Por último, escribe w para escribir los cambios y salir.
NOTA. El asterisco indica qué partición es la activa, solamente una partición debe estar activada, si te aparecen dos particiones activadas has lo mismo como si fueras a activar una partición para eliminar la bandera "boot", después introduces "p" para ver que has logrado actualizar a una partición activada.
Espero esto resuelva tu problema. Saludos.
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