Gracias de nuevo por responder,
he estado leyendo, buscando y provando rutas para pasarle y no hay manera de que guarde el archivo, pero si le paso el parametro 'F' lo guarda bien,
Código PHP:
$pdf->Output($nombrepdf.'.pdf', 'F');
pero en el momento que le digo que lo guarde en una carpeta no lo guarda, ¿no le ha pasado esto a nadie?
Gracias.