Checa en google con el comando site:
www.tusitio.com, para ver si realmente tienes todo tu sitio indexado. Si se encuentra todo entonces no hay porque preocuparse.
Yo tambien he notado que existen ciertas variaciones en el posicionamiento web de mi sitio y de otros, pero como todos comentan, despues de unos dias todo vuelve a la normalidad.
Saludos!