Prueba cambiar asi tu codigo:
Código PHP:
$sql_nempresa="SELECT empresa.id FROM empresa WHERE empresa.nombre=$empresa";
$res_nempresa=mysql_query($sql_nempresa,$dbh) or die( "Error en consulta: $sql_nempresa, error: " . mysql_error() );
$row_nempresa=mysql_fetch_array($res_nempresa,MYSQL_NUM);
Saludos.